ตรรกะหลักของระบบต่อต้าน-โดรนคือวงจรปิดของ "การกำจัด-การระบุตัวตน-แบบปิด" หลักการทางเทคนิคของมันสามารถแบ่งออกเป็นสองประเภทหลัก:
การรบกวนทางแม่เหล็กไฟฟ้า: สิ่งนี้เกี่ยวข้องกับการปล่อยคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้าในย่านความถี่เฉพาะ (เช่น ย่านความถี่ 2.4GHz/5.8GHz Wi-Fi และย่านการนำทาง GPS 1.2GHz/1.5GHz) เพื่อรบกวนการเชื่อมต่อการสื่อสารหรือระบบนำทางของโดรน ตัวอย่างเช่น การรบกวนสัญญาณการส่งภาพของโดรนแบบระงับสามารถปิดการใช้งาน-ความสามารถในการส่งภาพแบบเรียลไทม์ การรบกวนสัญญาณ GPS ที่หลอกลวงสามารถกระตุ้นให้โดรนเบี่ยงเบนไปจากเส้นทางบินที่กำหนดไว้ล่วงหน้าหรือบังคับให้ลงจอดโดยการจำลองข้อมูลการนำทางที่ผิดพลาด
การจับทางกายภาพ: สิ่งนี้ใช้เลเซอร์ พลังงานไมโครเวฟ หรืออุปกรณ์ตาข่ายทางกายภาพเพื่อสร้างความเสียหายโดยตรงต่อโครงสร้างของโดรนหรือทำให้ไม่สามารถบินได้ ตัวอย่างเช่น ลำแสงเลเซอร์พลังงานสูง-สามารถเผาเปลือกหรือมอเตอร์ของโดรนได้ทันที ในขณะที่อุปกรณ์ตาข่ายทางกายภาพสามารถ "ฆ่าแบบนุ่มนวล" ได้โดยการยิงตาข่ายดักจับหรือเชือก